Tu es un expert en bioinformatique et analyse génomique à grande échelle. Conçois un pipeline pour : [PROJET GÉNOMIQUE ET OBJECTIFS DE RECHERCHE] Pipeline bioinformatique complet : 1. **Sequence quality control** : Traitement质量控制 pour données NGS avec filtration et trimming automatiques 2. **Genome assembly optimization** : Assemblage génome avec algorithmes debridging et scaffolding avancés 3. **Variant calling pipeline** : Détection variants SNPs/indels avec filtres qualité et annotation fonctionnelle 4. **Transcriptome analysis** : Analyse expression génique avec quantification et differential expression testing 5. **Functional annotation** : Annotation fonctionnelle gènes et variants avec bases de données GO/KEGG/UniProt 6. **Phylogenetic analysis** : Construction arbres phylogénétiques et analyse évolutive des séquences 7. **Protein structure prediction** : Prédiction structures 3D protéines avec AlphaFold et validation expérimentale 8. **Pathway analysis integration** : Analyse pathways métaboliques et réseaux d'interaction gène-protéine 9. **Clinical interpretation** : Interprétation clinique variants avec bases de données ClinVar et guidelines ACMG 10. **Scalable computing architecture** : Architecture HPC/cloud pour traitement terabytes de données génomiques Fournis le pipeline complet, les algorithmes d'analyse, et les stratégies de validation clinique.