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多尺度建模
一种计算方法,同时整合多个生物组织层级(分子、细胞、组织),以捕捉复杂的涌现现象和相互作用。
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计算细胞动力学
在模拟生理条件的虚拟环境中,对细胞的个体和集体行为(包括分裂、迁移、分化和凋亡)进行的数值模拟。
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基因调控网络
描述基因、蛋白质和代谢物之间相互作用的微分方程组或离散模型,用于预测基因表达和细胞状态。
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流行病学仓室模型
一种数学框架,将人口划分为不同的仓室(如 S-I-R, S-E-I-R),并利用常微分方程模拟传染病的传播和演变。
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生物元胞自动机
离散系统,其中每个细胞根据预定义的局部规则进行演化,用于模拟肿瘤生长、形态发生或组织的空间组织。
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生物医学蒙特卡洛方法
应用于模拟罕见或复杂生物现象(如分子扩散、蛋白质-蛋白质相互作用或放射治疗)的随机抽样技术。
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反应-扩散模型
描述参与形态发生、细胞信号传导或生化波传播的化学浓度时空演化的偏微分方程组。
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进化适应动力学
结合群体遗传学和进化动力学的理论,用于预测在不断变化的环境中,表型性状在选择压力下的进化。
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生物佩特里网
基于图和转换的数学模型,用于表示代谢过程、信号通路或细胞周期,并包含定性和定量分析。
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混合动力系统
结合连续微分方程和离散事件,用于建模具有状态突变的生物系统(如细胞分裂或基因切换)。
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生物多目标优化
寻找多个相互冲突的生物目标(如生存与繁殖、效率与能量消耗)之间最佳折衷的算法方法。
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生物学中的马尔可夫链
用于模拟无记忆生物状态之间转换的随机过程,应用于DNA序列进化、离子通道动力学或流行病学研究。
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种群流模拟
基于智能体或偏微分方程的计算模型,用于模拟迁徙运动、空间扩散以及物种种群间的相互作用。
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细胞信号转导建模
将细胞外信号传递至细胞核的生化级联反应的数学表示,包括磷酸化、信号放大和负反馈调节。
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